答：根据《财政部 国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件二的规定，试点纳税人兼有不同税率或者征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的，应当分别核算适用不同税率或征收率的销售额，未分别核算销售额的，兼有不同税率销售货物、提供应税服务的从高适用税率。因此，您公司应分别核算，分别按销售货物17%和运输服务11%的适用税率申报缴纳增值税。