我司刚开始经营货物运输业务，上月在地税局代开运输发票时，被地税局按照开票金额带征了企业所得税，但我司的企业所得税是在国税交纳的。请问我司应该怎样申请退回已交纳的企业所得税？

答：您好！现针对您所提供的信息简要回复如下：
      根据《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）的规定，
　　（一）由国家税务局负责征收管理企业所得税，但由地方税务局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国家税务局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。上述纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。
　　（二）根据《国家税务总局关于印发〈核定征收企业所得税暂行办法〉的通知》（国税发〔2000〕38号）有关规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。
　　另外，广东省国税局、广东省地税局在《转发国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（粤国税发[2006]65号）补充规定：从2006年4月30日起，对由国税机关负责征收企业所得税，由地税机关代开票的查账征收货物运输业代开票纳税人，在地税机关代开票时，已按3.3％的预征率征收企业所得税并入库，国税部门对其进行年度汇算清缴时，发生亏损、减免税或实际应缴税款少于已按3.3％预缴的企业所得税等情况需要办理退库的，按以下办法办理：
　　1.年度汇算清缴时，纳税人年度申报应同时向主管国家税务机关报送地方税务机关开具的预缴企业所得税缴税凭证的原件及注明“此件与原件相符”并加盖公章的复印件，主管国家税务机关核实无误后将原件返回纳税人。
　　2.实行查账征收的纳税人由于减免企业所得税、年度发生亏损、企业所得税整体税负低于3.3％等产生多缴的企业所得税，纳税人可自主选择直接在次年的应纳企业所得税中抵缴，或由国家税务、地方税务机关联合退税。
　　3.选择国家税务、地方税务机关联合退税的，按以下程序办理：
　　（1）由主管国家税务机关，在不高于原企业所得税征收税额的基础上，按规定办理退库手续。
　　（2）纳税人当年企业所得税应退税额超过国家税务机关原征收的企业所得税税款的，由主管国家税务机关填开《代开票货物运输纳税人应退企业所得税联系单》经县（区）或县（区）以上国家税务机关审核确认，传递到“按开票金额3.3％预征所得税”开出票的地方税务机关；并由纳税人提供国家税务机关退税凭证，向“按开票金额3.3％预征所得税”开出票的地方税务机关申请办理退税。
　　（3）“按开票金额3.3％预征所得税”开出票的地方税务机关，应对《代开票货物运输纳税人应退企业所得税联系单》和企业的退税申请进行核对，确认无误的给予办理退税。
　　(注意:根据《国家税务总局关于调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的通知》（国税函[2008]819号）文规定，从2008年1月1日起,代开货物运输业发票的企业，按开票金额2.5%预征企业所得税。)